Puff una pregunta muy genérica sin ver la partitura que es complicada de responder.
Existe un plugin denominado Buscar motivo (en Sibelius 7, en versiones anteriores creo que también pero no se desde cual) Seleccionas el pasaje de referencia y el programa de busca y te resalta todos los motivos iguales, similares (en ritmo o alturas) de toda la partitura.
Puede que ese te valga para localizar tus repeticiones, pero las barras de compás las tendrás que insertar a mano.
En el apartado de plugins Analisis, Buscar y encontrar o en filtros avanzados puedes encontrar herramientas que te ayuden en esta tarea. Ahora, dudo que sea posible que lo localice y el programa solito ponga la barras de compás.
Muchas gracias por la info, lo estoy probando todo ahora mismo, aunque creo que va por buen camino, lo de poner las barras a mano ya lo tenía asumido, si consigo que al menos los resalte ya es bastante... jeje