Con la misma intención decirte que el programa es así y es para lo que es. Hay otros programas y otros métodos de trabajo que a lo mejor te van mejor con esa manera de trabajar.
Por lo que dices la mejor manera sería hacerte un borrador en papel, escribes las cabezas de las notas y luego les pones la duración. Si necesitas la partitura impresa las pasas a Sibelius.
No se si sabes que en Sibelius puedes grabar en tiempo real la notación, hay guitarras MIDI, con lo cual la notación te aparecerá instantáneamente sin tener que escribir una cosa y luego otra. Cierto que a veces la escritura da resultados un poco raros, pero está el botón mágico
Introducción de notas>Reescribir interpretación que te da un resultado en notación bastante correcto a partir de lo que tocas.
En Sibelius 7 puedes cambiar el método de introducción de notas al estilo de Finale, primero altura y después duración (
Speedy Entry lo llama la competencia) en
Preferencias>Introducción de notas>Especificar altura y después duración tal vez te sirva, tal vez no. Si no recuerdo mal el editor de partituras Capella permitía esa flexibilidad que tu quieres
http://www.capella.de/us/ pero sinceramente yo me plantearía trabajar más en un secuenciador (ProTools lleva incorporado una versión de Sibelius y exporta directamente a ese formato para maquetar la partitura con más opciones) en el que puedes trabajar con más flexibilidad. Muchos secuenciadores modernos ya exportan en XML con lo que puedes afinar cuanto quieras la transcripción antes de retocarla en el editor de partituras.
Comprendo tu frustración con Sibelius, los ordenadores no aprenden, hacen aquello para lo que están programados, pero nadie tiene la culpa de ello. Este foro no es un servicio técnico y la gente que participa intenta ayudar cuando puede o cuando quiere, antes otros lo hicieron con nosotros, pero tampoco hay obligación a dar todas las respuestas de manera superdetallada y al momento. Seguramente es un error de apreciación pero a veces parece que se exigen esas respuestas de la manera que el que pregunta espera, después hay poco agradecimiento, ni de palabra, ni de hacer el pequeño gesto de pulsar el botón. A veces ese tono, seguramente equivocado, de exigencia, de premura y de detalle hace que uno se sienta poco invitado a participar del juego.
Lo que mikolopez te está queriendo decir, seguro que también en tono amable, es que dediques un poco de tiempo a investigar sobre las pistas que te han dado, que busques en el manual o que intentes por tí mismo hacer lo que te han indicado.
Sí, la respuesta que te he dado es manejar dos documentos independientes. En uno escribes las alturas y en otro el ritmo. Pones la pantalla en modo
Mosaico y en el segundo pones en marcha la función
Introducción de notas>Reintroducir notas y tecleas a toda velocidad las notas que tienes en el primer documento sin preocuparte de duraciones ni de silencios. Sibelius solo se preocupa de cambiar las alturas de las cabezas de notas. Pero basta hacer un par de pruebas para comprobarlo, total son documentos que ocupan poco y se borran con facilidad.
En lo referente al plugin estás en lo cierto. A mí también me ocurre. Es cuestión de contactar a Bob Zawalich y comunicarle el fallo en el plugin, que puede deberse al uso de teclado en español. En mi caso he probado y la solución pasa por pulsar una flecha en el teclado antes de pulsar la siguiente nota repetida. No es lo mejor, pero yo no tengo la culpa y te doy una solución.
En fin, yo en un caso como el tuyo lo escribiría en papel y si lo necesito en partitura utilizaría lo pasaría después. O trabajaría con un secuenciador en tiempo real para después obtener la partitura. Durante siglos los músicos han transcrito de oído sin necesidad de editores de partituras y no les ha pasado nada.
Sobre si en Sibelius te escuchan o no, no puedo decirte nada, yo no soy personal de la empresa. Tendrás que insistir. Mi experiencia es que yo también he contactado con ellos y algunas veces he conseguido cosas y otras no. En ocasiones me han dicho que soy yo quién tendría que cambiar de modo de trabajo para sacar partido a Sibelius. Lo que dices sobre que
"Sibelius no tiene funciones para escribir guitarra flamenca o clásica" será para escribir como tú quieres. Se estima que hay más de 500.000 usuarios registrados de Sibelius en el mundo (más todos los que usan el programa pirateado) Seguro que cada uno tenemos nuestro capricho de cosas que nos gustaría que el programa hiciese. Pero en Sibelius trabajan solo un puñado de personas y tienen que atender aquellas demandas que coinciden en más usuarios. No se si hay muchos que transcriban de la manera que tu pretendes en Sibelius, pero si los hubiera tendrías fácil publicar esas peticiones en
Idea Scale y estar entre las más votadas para que esas funciones salgan adelante.
http://sibelius.ideascale.com
Todo esto dicho en el mismo tono respetuoso que tú. No se si te damos las respuestas que esperas y todo lo detalladas que necesitas, pero no podrás negar que intentamos ayudarte a cambio de nada, facilitando una información que no tenemos ni que conocer, ni porqué compartir. Espero que tu también entiendas el punto de vista de la otra parte.
Un saludo
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recurro a esto porque es mas rapido marcar con la mano izquierda la nota que voy a tocar y con la drecha escribirla, Cuentame como haces tu las transcripciones, y cómo escribes los rasgueos a ver is puedo aprovechar yo algo tambien , 
