Hola.
Si renombramos plugins carpetas y cualquier dato referente al propio plugin podemos tener problemas ya que cuando por cualquier razón Fl studio "llame" al plugin, tendría problemas al no encontrar el nombre con el que fue programada esa "llamada".
Una forma de organizar como quieras los plugins por nombres y carpetas:
Te creas una carpeta nueva donde quieras y agregas tantas subcarpetas como necesites para organizar los plugins. Esa carpeta general de plugins que has creado la arrastras al browser y a continuación renombras el wrapper del plugin que quieras y puedes arrastrar los "Save preset as...." del menú del wrapper. Creando de esta manera tu lista de plugin como más te guste.
Entiendo que no es lo que pides. Pero bueno, es una opción.
Un abrazo.