No sabría decirte en Cubase o Logic pero en Ableton Live yo lo hago con Instrument Racks y keyswitches. Creas los layers y splits en el instrument rack que es la forma de meter múltiples instrumentos en un mismo canal y asignas silenciar o hacer sonar determinados instrumentos a las teclas que te convenga, en mi caso las más altas.
Incluso puedes secuenciar los cambios de sonido para que ocurran de forma automática en el punto exacto de la canción que te interese y olvidarte de hacer los cambios tu.
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¿Te refieres a elegir desde botones del Juno sonidos de un plugin o a poder hacer que los mensajes del DAW cambien de sonido a tu Juno al llegar a un determinado momento de la canción?
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Hola. A lo primero. Algo como cambiar el timbre con algún mensaje MIDI.