Bueno, no es el mismo instrumento y por tanto los armónicos no son iguales. Aunque toquen la misma nota el grueso de cuerdas y la construcción es diferente, por no hablar de las pastillas, etc...
Si los quieres diferenciar que hay que realzar las características de cada instrumento, pero que no lleguen a ser caricaturas. Utilizando solo EQ, el limite de 250hz está bien, pero que el salto no sea muy brusco, y que no se apelotone todo en los 250Hz, muy tipico de mezclas caseras. Además acuérdate de dejar un hueco al bajo sobre los 2khz. Sobre la guitarra, depende un poco del modelo, por ejemplo si le quitas la banda de 250 a 500 hz a una lespol la matas, y si le quitas la banda de 1k5 a 2k5 a una telecaster la asesinas.