Es muy sencillo, seleccionando los "drivers" ASIO4ALL (Options/audio settings/device y ahí seleccionas ASIO4ALL) te colocas en uno de los inserts y obviamente encima de los efectos seleccionas la entrada que quieres grabar en ese insert y así con cada entrada que quieras grabar. Después la forma fácil es colocarse sobre cada track y presionar shift+E (te abre el Edison preparado para grabar) y si no pues abres el Edison en cada insert y seleccionas "Slave playback to host" que es un icono con una cadena arriba a la izquierda.
Esto básicamente hace que al darle en el fl studio a grabar (que está entre el stop y el bpm) te pregunte que como quieres grabar. Clickeas en "Audio, into the Edison audio editor/recorder" y grabará a la vez todas tus entradas.
PD: Si lo abres presionando shift+E por defecto graba como máximo 5 min. Si necesitas más cambia el 5' por lo que necesites, al lado de "ON PLAY".