Pro Tools hasta la versión 9 siempre trabaja con los audios separados en L y R. Ir a buscar el Mixdown directamente a la carpeta audio files no es la mejor opción. Una vez tengas la pista grabada con tu mezcla, selecciónala con el cursor (atención, que no tenga cortes o ediciones, ha de ser una sola región) y ve a la columna de la derecha de la ventana principal, donde están todas las regiones. Verás que la que corresponde a la región con tu mezcla se marca como seleccionada. Ve a la parte superior de la columna y verás un menú. Selecciona "Save región as files". También puedes usar el comando cmd+shift+K (Mac) o ctrl+shift+K (PC). Te aparecerá un menú que te permitirá salvar la región como un fichero, y ahí si que puedes seleccionar que sea un fichero "Interleaved" es decir un sólo fichero estéreo con el L y R juntos.
Si tienes Pro Tools 10 ya puedes trabajar directamente con ficheros interleaved. Mira en la ventana "Session Setup" y verás que hay un cuadradillo que pone "interleaved", para que trabaje así.
Saludos
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