Hola MIDI-creator: En 2008 no lo se, pero en Finale 2009 se hace igual que para poner 1 puntillo, solo que pinchando dos veces en la misma nota.
Es decir: De la herramienta "Simple Entry Tool" seleccionas el icono "Dot" (Un punto) y después pinchas dos veces sobre la nota a la que quieres añadir el doble puntillo.