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No debiera de ser así.
Puede que sea cuestión del driver de sonido de Cubase que tenga latencia?.
De hecho al utilizar Rewire hay un único click, luego no puede ir a distinto tiempo/tempo.
Puede también que hayas cambiado la regilla de Reason o Cubase de 4/4 a otra cosa.... y parezca por eso que no van sincronizados.
Lo normal sería que no estuvieras sincronizando por Rewire, si no por midi clock y que de ahí vinieran problemas de sincronismo y latencia.