Hola. Te diría que probaras a grabar algo usando algún programa como el grabador de Windows y te cercionases que todo lo que está en el "Control de Volumén" de Windows este correctamente configurado.
Acuerdate que para grabar del line-in tienes de darle a Opciones -> Propiedades, seleccionar Grabación y seleccionar la Line-in
En principio la conexión está bien, supongo que usaras algún adaptador para pasar del jack-grande de la pedalera al pequeño que te dará la tarjeta de sonido.