Puede ser que trabajes a una frecuencia de muestreo, y al exportar lo hagas en otra, tambien puede que sea el software de reproduccion, que te cambie la frecuencia.
También mira el clock interno de tu tarjeta de sonido, a veces se desajusta y te cambia la frecuencia de muestreo a 48000 Kz, entonces el cubase se ajusta a esa frecuencia y pasa eso que dices tu.
Tiene pinta de ser el tema de muestreo.
AL importar un loop de fl studio me ocurre lo mismo.
A mí me ocurría igual. La solución es que cuando lo tengas en CUBASE hay que conformar el archivo (así se llama el comando), se puede hacer desde la POOL o pinchando en la onda con el botón derecho, desde ese menú contextual también se puede: "conformar archivo".
Hasta luego.