Yo empezaría por conectar el ATA al puerto IDE normal y probar a grabar en Cubase en ese disco, los clicks deberían desaparecer. He seguido leyendo cosas por ahí, el tema es interesante, parece ser que eso de meter el SATA en el bus PCI ocurre en muchas otras placas base. Las nuevas ya lo llevan incluido en el propio chipset, con lo cual no tienen el problema. También llama la atención que otras dos personas con problemas similares a los tuyos tienen también tarjetas de M-Audio, una Delta 66 y una Audiophile, da que pensar. Y curioso también que el asunto ha comenzado a airearse justo desde Enero hasta ahora, coincidiendo con el auge de los discos Serial ATA, se nota que antes no eran tan ampliamente usados.
En fin, yo de ti primero me aseguraría bien, ya te digo, pon el disco ATA de 20GB junto al que ya tienes, y úsalo para hacer unas pruebas y cerciorarte del todo de que el problema está ahí y en ningún otro sitio. Cuando estés seguro, tienes varias opciones:
1) Comprar un disco ATA133 de 120 o 160 GB, los hay no excesivamente caros, y usarlo para grabar audio y para leer muestras, dejando tu disco SATA actual sólo como arranque y archivo de datos o fotos o lo que sea.
2) Comprar una tarjeta Serial ATA PCI y deshabilitar el puerto SATA interno de la placa. Quizá la solución más barata, creo que te saldría por unos 30€, y aunque no lo he leído en ningún sitio, estoy casi seguro de que funcionaría. Las tarjetas IDE en formato PCI suelen ir bastante finas, yo tengo una ATA66 en el equipo antiguo ya varios años y funciona muy bien, digamos que funcionan aparte y son más controlables, las pones en el PCI que quieras y te evitas que compartan IRQ con dispositivos "indeseables".
3) Puedes probar a jugar con las latencias de los slot PCI con el Power Strip. Algunos usuarios han solucionado así el problema, tendrías que bajar la del controlador SATA a 16. Es cuestión de probar, aunque el programa no es gratuito, te costaría 30€ la licencia, lo mismo que comprar la controladora SATA PCI.
Ya nos vamos acercando al final, lo presiento