Hola dasdas yo tengo pro tools 8 le y tenía el mismo problema que tu... Te cuento como lo he solucionado paso a paso haber si te sirve de ayuda.
1 He creado una Aux input (estereo) donde he cargado la instancia de kontak
2 Despues he añadido dos librerías de sonido (Guitarra y un bajo)
3 He creado 2 pistas MIDI. A una pista le asigando salida para kontak ch 1 y a la otra el 2
4 Dentro de kontak entra en el menú de outputs y observa si tienes dos canales st.1 y st.2 si no es así crea uno nuevo..(Te pedirá que reinicies kontak o pro tools)
5 Una vez tengas los dos canales St.1 y St.2 asigna a cada intrumento una de esas salidas
6 pincha en cada uno de los canales en el botón Config. que está debajo del fader del canal. Te aparecerán dos canales creo que referentes a R-L. Bueno pues tienes que pinchar en el primer canal y seleccionar aux 1 (te aparecerá "aux 1 [1]" Y después pinchar en el otro canal y seleccionar aux 1 (te aparecerá "aux 1[2]")
Repite la operación con el otro canal.....y dirige la señal a "aux 2 [1]" y "aux 2 [2]"
7 Después de todo esto, crea 2 pistas Aux input estereo y pincha en la entrada de la pista auxiliar. Si todo lo has hecho correctamente te debe aparecer plug-in en la lista. Solo tienes que seleccionar kontakt y el número de salida aux que quieras en esa pista auxiliar....
Espero que no te haya liado mucho. Si tienes algún problema intentaré hacer un tuto o algo del estilo jeje