Si tu ordenador es de sobremesa y tanto tu placa base como tu disco duro lo permiten, la conexión ideal es la eSATA, aunque independientemente de que cuentes con conexiones de este tipo, es poco probable que sean visibles sin desmontar la carcasa.
La segunda conexión recomendada sería la Firewire 800. Si tu ordenador no dispone de esta conexión, quizá puedas hacerte con un hub, aunque no sé si realmente podrías trabajar a 800.
Firewire 400 es más común y es similar al USB en cuanto a velocidad, sólo que el flujo de datos, según tengo entendido, es continuo, lo que viene mejor para audio. SI vas a usar USB, aunque no sea la solución idónea, no creo que vaya excesivamente lento.
Lo más recomendable es que las pistas del proyecto en el que estés trabajando estén en el disco duro del interior de tu ordenador. Si vas a utilizar el externo para almacenar datos que no requieren un acceso demasiado rápido, no necesitas más. Si no te queda otro remedio que disparar samples desde el disco externo, asegúrate de que el disco está girando continuamente.
Gracias Signify! lo que da como respuesta es que me tengo que sacar la pereza y colocarlo adentro (es SATA 3.0GB)
Saludos