Estas hablando del Music Studio, me temo que ahí no puedo ayudarte ya que no conozco bien el programa, es parecido a Sam en algunos aspectos, pero no es lo mismo.
Supongo que el problema puede andar en los canales MIDI asociados a cada archivo, si el Music Studio tiene un editor de eventos, abrelo, allí podrás ver a que canales están asignadas las notas de cada archivo, asegúrate de que coinciden con el canal MIDI del Vita...otra cosa no te puedo decir, a ver si algún compañero que tenga el mismo programa te puede echar una mano.
Un saludo.