Bueno, yo soy un defensor de ambos campos, para mi lo digital no esta reñido con lo analógico, todo lo contrario, ambas tecnologías pueden complementarse perfectamente y de hecho muchos estudios de mastering hoy día son híbridos, todo va en función del trabajo que tengas que realizar, en estudios orientados a la grabación y a la mezcla, es cierto que todo esta más enfocado a trabajar las señales a través de equipamiento analógico externo.
Respecto a lo de perder parte de calidad al exportar, pues depende, te digan lo que te digan,
no todos los DAWs hacen el Bounce de la misma manera, algunos son más fieles que otros y hay casos extremos (una minoría) en los que el resultado del Bounce deja mucho que desear, en Samplitude o Sequoia puedo dar fe de que el resultado tras el Bounce es 100% transparente y sumamente fiel al de la sesión a tiempo real, nunca habría apostado por este DAW de haber tenido carencias en este tipo de cosas, pues soy extremadamente meticuloso (casi a niveles de enfermedad) con el tema de la calidad y fidelidad del audio, pero también hay que saber configurar un poco el programa para obtener esos resultados, en ese sentido yo te pregunto una cosa:
¿Realmente notas que hay perdidas entre la mezcla original (sonando a tiempo real) y la misma mezcla exportada a un archivo estéreo? si es así, puede que no le estés sacando el máximo provecho a tu DAW, es muy importante trabajar siempre a la misma resolución o profundidad en bit a la que procesa el programa, (siempre y cuando estemos hablando de mezcla ITB, es decir, con plugins, sin embargo si tus plugins "son de hierro", ese dato no te servirá de gran cosa), como no lo se, voy ponerme en el caso de que trabajas ITB.
Si nada de lo anterior resulta y tu DAW no da para más en ese sentido, prueba a sacar la señal vía S/PDIF y grabarla en una pista vacía del proyecto, esto en teoría debería darte una representación muy fiel de lo que esta sonando, de hecho mucha gente emplea este método, también hay tarjetas de sonido como las RME que incluyen una función tipo Loopback o "grabar lo que se oye", que junto a la anterior solución de sacar la señal y grabarla de nuevo sin salir del entorno digital, puedes probar y comparar después con el archivo resultante del "método Bounce", juzga entonces si hay diferencias sonoras entre esos archivos, invierte fases, etc...
Si nada de esto funciona y sigues teniendo la sensación de que la mezcla sonaba mejor a tiempo real, otra opción es la que tu has comentado, sacar la señal y grabarla directamente en otro ordenador o en un dispositivo externo como el masterlink...o cualquier otro grabador a disco duro, asegúrate eso si de disponer de unos buenos conversores DA, porque de lo contrario no vas a solucionar gran cosa, aunque puede que a tu oído le parezca que de esa manera la cosa suena mejor.
De todos modos a veces la gente se obsesiona demasiado con estas cosas y no siempre es para tanto, si la diferencia entre el sonido de la mezcla a tiempo real y el de la mezcla exportada no es realmente preocupante para ti, mejor no le des más vueltas, exporta el archivo, no hagas SRC, es decir mantén la misma frecuencia de muestreo que hayas usado en el proyecto y exporta a 24 Bits, (o 32 Bit en coma flotante si tu DAW y el estudio de masterización al que vayas a entregar tu trabajo lo permiten), ellos ya te dirán si hay que volver a remezclar algo o hacer algún pequeño ajuste antes de masterizar nada, entiendo de todos modos que es un tema muy personal y lo que para muchas personas "vale", para otras sin embargo no es suficiente, hay oídos muy caprichosos y tal vez el tuyo sea uno de esos, si realmente eres una de esas personas verdaderamente exigentes con el sonido, bienvenido al club de las ulceras e irritaciones de colon.
Un saludo.