es algo raro si...
sería conveniente que comprobaras si el tema surge como un cambio de configuración en la ruta de midi o de audio con lo que sería normal que dejara de sonar, o si se debe a algún tipo de bug en el software, configuraciones y tal.
Primero, el teclado midi debería estar conectado a cubase, una pista de cubase tendrá seleccionado como entrada tu teclado y como salida el bass de reason.
Esto no debería cambiar tras crear un nuevo modulo en Reason. Así que las notas siguen llegando al modulo bass.
Luego, en cuanto al audio, la salida de audio del bass estará dirigida a una salida del hardware interface que se corresponde con una entrada rewire en cubase. Esto tampoco debería cambiar con la creación de un nuevo modulo.
Comprueba como tienes las cosas antes y despues de la creación del malstrom, fijate en que cambia y en si se altera de alguna forma las rutas del midi o del audio.
Si todo sigue igual, puede que tengas algún tipo de error en la configuración de algún programa. Será dificil saber como arreglarlo, puede que acabes antes desinstalando y volviendolo a instalar.
Suerte!