Creo que alguna vez instalé programas en otro disco aparte del C...dolor de cabeza, no lo recomiendo. Lo que te recomiendo es utilizar algún programa como Acronis True Image y hacer una copia de respaldo de todo tu sistema en un disco externo, una vez que hayas reinstalado todo lo necesario. Y todos tus trabajos, mantenlos en el externo, o por lo menos mantén copias de estos. Yo hago copias de seguridad de los proyectos en los cuales estoy trabajando diariamente. Los ya terminados quedas guardados en discos externos, y no sólo en uno, sino dos o más. Siempre mejor prevenir.
Instalo mi sistema, todos los programas que utilizo. Una vez que lo tengo como quiero, hago una copia con Acronis. Este duplica el sistema tal y como está, y si en el futuro necesitas restaurarlo como tal, sólo abres el programa, conectas el disco duro externo donde está la copia, lo restauras y te queda como nuevo. Yo mantengo todos mis trabajos en un disco adicional interno, nada en el C. Sólo programas.
Yo tengo instalado el Cubase en la partición C del sistema, cuando hago una copia de seguridad del sistema (Macrium Reflect Free) , tambien la hago de Cubase, de sus fricheros de instalación etc.
Pero para archivos sueltos, directorios especificos etc, uso SynbackSE, de pago pero con 5 licencias.
mod
Yo metía al SSD el software y los datos al magnético. Si configuras bien el secuenciador no deberías tener problemas, el problema llega cuando se corrompe algún archivo o cuando no sabes donde metes cada cosa. Cuando he tenido que meterle mano todo se volcaba al disco pertinente con las mismas direcciones de siempre, lo único es configurar el secuenciador si vas a reinstalar.
Disco externo no es buena idea, si a caso para un portátil modesto con poco disco, sin muchas pretensiones. Se le enchufa un externo de más capacidad por eso de repartir cargas pero vamos, por USB tendrás más latencia que con uno internoo. El externo está bien para copia de seguridad pero ya.