Hola.
Tanto si grabas con el Tapedeck 1 ó el 2, deberías oír el sonido procesado, incluído en el momento justo en el que estás realizando la grabación.
La diferencia es que el primero lo graba sin procesar y el segundo procesado (tal cual lo oyes).
Es más flexible usar en un principio el Tapedeck 1 porque así mantienes la toma de audio original para poder re-procesar cambiando amplis, efectos, etc. Una vez decida la cadena de efectos (lo que se llama propiamente rig
) ya puedes hacer la grabación definitiva con el Tapedeck 2.
¿Qué versión de Guitar Rig tienes? En Guitar Rig 2 tienes la opción de usar un botón "High Res" que duplica internamente la frecuencia de muestreo con la que estás trabajando y al usar los Tapedecks también se está grabando al doble; quizás sea ese el problema, que luego tu editor no soporta tanta frecuencia de muestreo o tienes una tarjeta externa que no cambia la frecuencia de muestreo automáticamente y también te puede dar problemas con editores de audio (como Wavelab 5).
Si es ese el caso, desactiva esa función despulsando el botón y vuelve a probar a grabar.
Con respecto a que usando Audacity puedas grabar sin aplicarse los efectos, acabo de ver que soporta plugins VST así que también lo podrías usar insertando Guitar Rig como efecto y así grabar el audio procesado.
En resumen, hazlo con los Tapedecks en modo standalone como he dicho antes o usa Guitar Rig como plugin de efecto dentro de un secuenciador o un editor de audio con soporte VST como Audacity.
Un saludo.