#1 Pues debería hacerlo automáticamente. Yo usé Nuendo durante años y ahora llevo mucho con Cubase, y no hago nada en especial. Guardo proyecto y listo. Sí que es verdad que hay plugins muy antiguos que en ocasiones no guardan correctamente la configuración en un Cubase moderno, como Tascam Gigastudio, pero son rarísimos los casos. Y en esos casos, tampoco le vi más solución que presetear todo siempre antes de cerrar el proyecto y volver a cargar el preset al abrirlo de nuevo. Es una turra, pero bueno...
Tienes que enviar al principio de la secuencia información sobre cambios de programa en cada canal MIDI.