si usas la mesa para tener las salidas de pista de pro tools en distintos canales, primero tienes que grabar la salida master L-R de la mesa dentro de pro tools, y despues, teniendo una unica pista stereo hacer el bounce to disc de la salida de esa pista (1-2,,3-4 o la salida que tenga).
Otra opcion es usar la mesa solo para monitorizar y tener todas las pistas de pro tools con salida 1-2 (por ej.) para poder hacer directamente el bounce. Asi, te ahorras tener que hacer primero la mezcla de la salida de la mesa y luego el bounce,,,,,Si la mesa no es muy allá, te recomiendo que lo hagas de la segunda manera.