Hola Wonni.
Te lo explico con un ejemplo: la trompeta en Si b, Se llama así porque está afinada en esa escala: aunque en su partitura haya un do y el trompetista toque un do, sonará un tono entero por debajo, o sea, un si b. Si toca el re suena el do, si toca el mi suena el re, etc etc.
Pienso que las razones por las que esa trompeta se fabrica afinada de ese modo son estrictamente técnicas, no musicales.
Para el trompetista no es problema porque se limita a tocar lo que hay en la partitura. Para el compositor es más latoso: tiene que escribir la partitura de trompeta un tono entero por arriba ("transponerla") para que, al ser tocada, suene como él quiere. Aunque con los programas de edición de partitura actuales (Encore, Sibelius, Finale, etc.) eso no es problema.
los ejemplos más tipicos de instrumentos transpositores son todos de viento; en las cuerdas no los hay y en la percusión afinada típica tampoco. Aparte de los saxos, el clarinete en si b (esto dentro de las maderas); en los metales, están las trompetas en si b (aunque también las hay en do, es decir, sin transposición) y las trompas en fa.
Respecto a lo que preguntas sobre los instrumentos transpositores virtuales, si hay que tener en cuenta la diferencia de tono al tocarlos en el teclado, pues eso dependerá de la librería que estés usando. En la que yo uso (la Garritan Personal Orchestra, ámala u ódiala...) no. Toque el instrumento que toque, el do siempre suena do. Los que han creado los samples han pasado de la transposición del instrumento y han distribuido los tonos reales con las teclas reales. Pero sé que hay otras librerías donde sí se respeta la transposición (es decir, tocas la tecla do y suena si b en el caso de la trompeta).
Espero haberte ayudado
Suerte.