El Audio: Estas funcionando con cacharros, por lo que dices, conectados a un mezclador, cuya salida esta conectada a la entrada del ordena, y la salida de este, a tus altavoces... no?
Tu mezclador tiene retorno de tape? es es así, conecta la salida del ordena al tape in de la mesa, y coge la salida de la mesa y conectala a los altavoces. De este modo podrás funcionar, y escucharte, sin tener que encender el ordenador. También podrías usar envíos auxiliares, pero con más cuidado para evitar realimentaciones.
El MIDI: Está muy bien eso que te propones de usar el secuenciador de la EMX para disparar la drumstation, y conseguirás editar la nota que dispara cada uno de los nueve sonidos drum de la EMX de la siguiente manera: Dispara algún drum para seleccionar su canal MIDI, presiona el botón de menú MIDI que hay bajo el display, ahora pulsa SHIFT+botón 12 (MIDI/ UTILITY), gira el potenciomentro principal hasta que veas DrNote, vuelve a pulsar SHIFT+12. Ahora ves pulsando los nueve disparadores y reasigna sus notas como gustes.
Pero como bien dices, esto te limita a 9 sonidos.
Otra "limitación/ confusión" es que de ese modo, estás trabajando con dos máquinas asignadas al mismo canal MIDI, bastante práctico en una situación de directo/ trasteo, pero que deja por explotar bastante potencial de la drumstation.
Si tu interface de audio/ MIDI tiene ajustada una latencia baja, sería preferible que usases un canal MIDI como monitor abierto desde Cubase para monitorizar la entrada proveniente del canal drum de la EMX y redirigirlo a otro canal en el que configures la drumstation... Así, si te apetece, también grabarás improvisaciones sobre la EMX (los mutes solos, rolls y demás), pero si editas y programas un clip sobre el canal de la novation, tendrás acceso al resto de sonidos.
Por no mencionar los filtros midi para que al modificar por ejemplo, el pitch de un sonido drum de la EMX, no varíes tal vez la cantidad de modulación de algún sonido de la drumstation... parece más complejo, pero en el fondo es más sencillo; te evitará problemas.