Ese audio es irrecuperable, lo siento.
Respecto al linkado de 828 es extraño tu problema aunque de las interfaces de audio puedes esperar cualquier cosa.
Suelo grabar 16 pistas mediante una 828mk2 al macbook y una RME ADI8 conectada por ADAT a la 828mk2 (RME envía Word Clock a la MOTU por ADAT), llevo un año funcionando así y no me ha dado ningún problema, hasta la semana pasada que tenía el mismo ruido que tú proveniente de la RME, al final la solución fue cambiar el cable ADAT y reiniciar 3 veces todo el equipo hasta que se sincronizó solo.
Cambiaste el cable FW? has probado a esclavizar la mk3 a ver si el problema persiste?
He enviado también el post a MOTU y me han respondido muy rápido.
Ellos también creen que no se puede hacer nada por recuperar el audio. Bueno, ya me lo temía.
Creen que el problema es de sincronización de reloj, y me aconsejan coger el reloj de la tarjeta esclava de otra fuente que no sea el firewire de la tarjeta maestra, ya que dicen que este sistema es un poco inestable. Mejor a través de Wordclock, ADAT o S/PDIF.
La próxima vez lo probaré así. Lo jodido de estos problemas es que cuando lo pruebas 10 veces en casa todo va bien, pero cuando grabas en directo no puedes estar seguro de nada. De hecho, llevaba años grabando así sin encontrarme con este problema.
El cable para lincar utilicé el de siempre, uno de muy pequeño que sólo sirve para eso. Me gusta usar la mk3 como máster porque es más nueva, pero funciona igual al revés, también lo he hecho alguna vez.
Saludos
Usa el WordClock, es mas seguro.
Trata de usar una buena fuente.
(Lo ideal seria tener un Big Ben, pero es algo oneroso).
El sample rate de las dos si están iguales es raro que haya problemas (a no ser que el cable óptico este con algún daño).
Saludos!