Manu, RESPIRA
Creo que tu problema es sólo de cableado. No he mirado las especificaciones de nada y quizá esto hace que todo lo que diga no valga.
Piensa en señal balanceada. A grosso modo y técnicamente mal explicado, significa enviar una señal MONO y conseguir que las diferencias entre el punto de salida (origen) y llegada (final) sean mínimas. Las señales eléctricas que transcurren por nuestros cables, aunque no queramos, están sometidas a diferentes cambios indesados, básicamente campos electromagnéticos y/o magnéticos. Son ruidicitos molestos que no nos gustan, básicamente porque no los hemos metido nosotros. Una manera de conseguir evitar este problema es mediante una malla conductora que envuelva el vivo de la señal (la señal en si misma) y convertir eso en una campana de Faraday (ya sabes: esa jaula de hierro que, si estás dentro, no te tocan los relámpagos). Pero en largas tiradas (más probabilidades de problemas), además, necesitamos otra protección adicional: por eso el cable balanceado. El objetivo sigue siendo el mismo: tener la misma señal en origen que en destino. Una manera es la que hace el balanceado: envía de hecho 2 veces la misma señal (la "duplica") y luego las compara: todo aquello que está en una señal pero no en otra se elimina y listos. Ya te digo que es muy cazurro lo que explico, pero vale como explicación. ¿Cómo hace la comparación? Pues algo tan sencillo como: si tengo 1 y le resto el mismo 1 (es decir, -1), debe salir 0. Si sale algo diferente a 0 (por ejemplo: 0,2), lo resto del 1 que me ha llegado (para entendernos, habrá llegado 1,2 y 1,2 -la contaminación debe ser la misma a ambos canales-, por lo que 1,2-0,2=1, que es la señal original).
La conexión física y real de un cable balanceado es casi exacta a lo que podríamos llamar cable estéreo (pues, supongo que has visto, una conexión balanceada es, de hecho, una conexión estéreo, pero que en realidad envía 2 veces la misma señal mono). Las señales estéreo musicales son de hecho 2 señales mono (un mono para L otro mono para R). Normalmente no son idénticas, hay pequeñas diferencias (panoramas de la batería, guitarras, efectos, etc.).
Todas las señales eléctricas necesitan un "circuito cerrado" para transportarse (de hecho no se transporta, pero bueno, como símil es correcto), y en el caso de balanceadas y estéreo utilizan como 'canal de retorno' esa malla que antes te he mencionado.
Tu salida mini-jack del ordenador es una salida ESTÉREO. El minijack, si te fijas, tiene 3 patillas: la punta, el medio y una más larga que es la masa (TRS: Tip Ring Sleeve). La Sleeve (la larga) es la parte que se conecta a la malla y es común en caso todo el cableado (mono, balanceado, estéreo). Tip y Ring son 'vivos', es decir, son los canales por donde viajará nuestra señal. Como que tu ordenador ofrece una salida estéreo por el Tip circulará una señal mono principal (la izquierda, por ejemplo) y por el Ring circulará la otra señal mono principal (la derecha). El canal de retorno para ambos será el Sleeve. Luego, tienes 2 señales DISTINTAS (que pueden ser la misma, por ejemplo en una locución de alguien hablando sin efectos ni panoramas; pero eso es porque necesitamos que ambas señales sean las mismas).
Luego te habrás armado o estarás utilizando al otro lado del cable un jack TRS, la copia en tamaño normal del mini-jack ¿es así? Al ser una copia, un espejo de la conexión de entrada sigues teniendo lo que hemos dicho: dos señales, casi idénticas (pero necesariamente distintas) y una masa de retorno para ambas. Y lo conectas a las cajas que, al ser medianamente decentes, aceptan una señal balanceada como entrada, ya sea mediante XLR (eXternal Live Return) o tu jack TRS. He dicho balanceadas. Por ello, una vez conectas ese jack a la caja acústica ésta realiza el proceso, digamos, de detección y eliminación de ruidos. ¿Cómo? Pues como he dicho antes: la caja supone que le estás enviando UNA ÚNICA SEÑAL MONO, duplicada dos veces en ese jack: una pareja TR y otra pareja TS (que necesariamente debe ya estar en contrafase, o en sentido negativo). Entonces, coge una, por ejemplo la señal TR y le SUMA TS (insisto: TS es -TR) para, finalmente, restar el resultado a la TR original. ¿Vas viendo el problema? Tu estarás enviando dos señales POSITIVAS (de signo), por ejemplo +1 y +1, y la caja lo que hará será SUMAR dos señales que cree que ya están en contrafase, pero que en tu caso serán 2 positivos: restará la señal de ambas a la señal de referencia, es decir, casi silencio.
Aún así, tú dices que estás utilizando un cable MONO, es decir, un TS (sin R). Aquí el problema seguramente es el MISMO, y no es problema de la caja, sino de la "conversión" de cables que has estado realizando. Recuerda que la caja espera 2 señales, en principio idénticas pero contrafasadas. Recuerda también que el ordenador te está dando 2 señales, aparentemente idénticas (estéreo). Si la conversión es buena la T del minijack debe ser la T del jack, mientras que el R del minijack debe estar "suelto", muerto, sin utilizar. Finalmente, las S deben ser exactamente la mismas. Si eso es así, la caja seguirá haciendo su "detección de errores" pero esta vez sumará (o restará) una señal y 0, es decir, al final tendrá una señal como resultado (pero, al no poderla comparar, no podrá detectar y corregir errores). Ahora bien, si se ha conectado la R a la malla es probable que lo que hagas es llegar al mismo error que antes: dos señales (casi) idénticas que en vez de estar en contrafase están en fase y esto la caja no lo sabe, por lo que se cree que TODO es ruido (menos, justamente, lo que no está en igual proporción en cada canal).
Una manera de detectar esto es escuchando. Por un lado sí es verdad que debes escucharlo MUY bajo, pero, además, es fácil detectarlo porque lo que escuchas no es sólo la canción más baja de volumen, sino que sólo escuchas lo que NO está por igual en ambos canales L y R (por lo que es fácil no escuchar ni las voces, el bajo o el bombo, pero quizá sí sus efectos, algunas guitarras si están dobladas, los platos...).
¿Qué pasa si esto no es así? Pues que la he cagado y puedes olvidar todo lo que he dicho
¿Cómo tendría que ser el cable que necesitas?
Entiendo que lo que quieres es un par de cables que vayan de tu ordenador a tus dos cajas (L y R) o, en el caso que sólo quieras conectarlo a 1 caja, pues prescindir de una señal estéreo (L o R) y utilizar la otra (R o L). Pues de hecho ya te lo he dicho: de tu ordenador sales con un minijack estéreo con dos señales: la pareja TS creo que es la L y la RT la R. De ahí, en el caso de dos cajas estéreo, deben salir DOS cables hacia JACK TRS (uno para cada lado de la PA). No podrás utilizar una señal balanceada, pero sí "enredar" a la caja en su entrada. Entonces, debes conectar la señal de salida del minijack TS (canal L) al jack para la caja izquierda de tal modo que la S del minijack sea la S del jack, mientras que las T y R del jack estén juntas en el T del minijack. El otro cable exactamente lo mismo, pero los T y R del jack deben ir al R del minijack. Es un cable que puedes comprar hecho en casi cualquier tienda.
Pillate una mesilla aunque sea de segundamano hombre!! 
