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Das muy pocas pistas de lo que ya has hecho y probado y así es difícil hacerse una idea... Revisa cómo tienes en preferencias lo de la configuración del click audio y del click MIDI, a ver si los tienes por alguna salida inesperada o cualquier otra cosa parecida.
Revisé, en Configuración de Metronomo, no hice nada mas; lo que mencionas de "preferencias" eso es dentro de cubase ?
el metronomo en cubase se activa y desactiva con la tecla C, al ser una versión Elements podemos descartar que en el control room no lo tengas asignado, con lo cual debería funcionar sin problemas por las mismas salidas del main out.
Puedes revisar desde la barra de transporte (f2) en el apartado metrónomo, haciendo cmd mas click en apartado del titulo, ahí se abrirá la ventana de configuración del mismo. Quizá sin darte cuenta hayas bajado el volumen de salida del metrónomo.
Mira si tienes activado el Control Room. Si es asi no funciona aunque actives con la C si no tienes el click activo en el main out.
Asegurarte también que en el apartado conexiones vst (f4), en la pestaña salidas, debajo del apartado clic pone clic, esto activa o desactiva el metrónomo en las salidas principales. Lo activas o desactivas pulsando en el cuadro justo debajo del titulo.
También, y como curiosidad y al menos hasta la versión 7.5, si en la barra de transporte está visible el teclado virtual los comandos de teclado quedan desactivados, con lo cual aunque pulses C no hará efecto en el atajo, si no en el teclado virtual. Si vas a usar atajos, oculta la barra de transporte (f2). (solo si muestra el teclado virtual).