Yo me centraría en la azotea. Como primer punto, si la perra esta bien ahí, y el segundo punto intentar apagar los ladridos de la perra.
1) El primer punto es preguntarse como es la azotea? La perra esta bien ahí? Tiene su caseta? Agua siempre? Hay viento? Tiene algún sitio resguardado? Tiene sombra? Existe la posibilidad que la perra pueda acceder a otra zona ademas de la azotea? Esta suelta? Puede correr? etc...
De todas formas, estando en la azotea y escuchando a otros perros siempre ladrara algo.
2) El punto segundo, apagar los ladridos de la perra, es difícil de comentar sin ver la azotea en cuestión. Así de entrada, por ejemplo, una azotea vacía solo con cuatro paredes, puede ser mas ruidosa en el sentido que los ladridos resonaran. Así como una gran pared lisa. O quizás es una azotea con barandillas, y es todo cielo abierto?
Una idea podría ser poner una ristra de jardineras, con setos tupidos, en la barandilla que mira hacia el vecino. El ladrido de la perra , por la foto sera agudo, y el sonido agudo es direccional. Entonces la idea es tapar la linea recta hacia el vecino, así como "amueblar" las paredes muy lisas.
Podrías grabar los ladridos de tu perra y reproducirlos a un volumen igual al que ladra tu perra desde la azotea, e ir cerca de la casa del vecino a ver que es lo que oye.
Esto requiere trabajo y la solución puede ser fácil o muy difícil según como sea la azotea.
Ánimos!