La masilla termica es muy importante ya que mejora mucho el contacto entre el micro y el disipador, y la diferencia entre poner masilla y no ponerla es bastante grande. No es necesario poner mucha masilla, lo mejor es poner poca pero bien extendida, que no forme grumos ni huecos. Se puede poner una gotita en el centro y dejar que la presión por si misma la extienda.
Otra cosa que va cojonuda sobre todo para equipos que están mucho tiempo encendidos sin nadie delante, haciendo cosas que consumen poca cpu (como descargar y tal) es un programita que se llama cpuidle, que aprovecha los tiempos muertos del procesador para reducir su consumo y su calentamiento. Solo este programita me bajas entre 10 y 15 grados la temperatura del micro, lo tienes en http://www.cpuidle.de (la demo se puede usar durante unos dias)
Saludos.