Antes de guardar el proyecto que contiene Kontakt con instrumentos, guarda el "multi" desde el menú de Kontakt y elige guardar sólo "settings" (que viene a ser la elección primera al lado izquierdo del diálogo) ponle nombre y guárdalo en la carpeta donde tienes tu proyecto de Cubase, o en la carpeta donde Kontakt guarda los multis (para eso deberás buscar dónde están, y eso varía en cada sistema, así que no puedo decirte dónde).
Es probable (y comportamiento esperado) que una vez que hagas eso, al guardar tu proyecto ya no veas ese dialogo y puedas reabrirlo sin problemas. Pero si por algo no los carga, lo que tienes que hacer al abrir el proyecto es cancelar la búsqueda que Kontakt quiere hacer y posteriormente desde Kontakt cargar el "multi" que habías guardado. Si todo va bien cargará de nuevo todos los instrumentos que tú habías puesto ahí.
Es un dolor de cabeza pero desgraciadamente esa es la forma en que se comporta Kontakt. Hay maneras de resolver eso permanentemente, pero tiene que hacerse por lo menos una vez en cada sistema y envuelve re-guardar los samples y eso me da no sé qué, pues ya se me han perdido samples haciendo eso, así que yo sigo el proceso indicado arriba.
Muchas veces guardo también los samples con el multi, pero eso no siempre es posible, pues muchas librerías no te permiten hacerlo.
Espero esto ayude. Hay videos en YouTube, pero la mayoría en inglés.
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