La posición del EQ varia en función del uso que esperes de él. Me explico. Puede que quieras hacer una ecualización general del instrumento, en cuyo caso puedes ponerlo en las partes iniciales de la cadena de efectos.
O puede, como es mi caso, que lo quieras usar como un booster de determinadas frecuencias, que es el uso que yo le doy. En ese caso (por ejemplo para realzar las frecuencias medias de un pedal distorsionador, por ejemplo) le colocas a continuación de dicho distorsionador y ahí trabaja perfectamente.
Yo lo tengo, como te digo, detrás de los overdrive y distorsionadores porque lo uso de booster de medios. Si lo usase, por ejemplo, para resaltar los agudos cristalinos de un chorus, lo pondría después de él.
Y si quieres afectar globalmente al tono de la señal antes de llegar al previo del ampli, lo pones como último pedal de la cadena.
En resumen: Puedes ponerlo donde quieras, haz pruebas e identifica que uso prioritario le quieres dar y en función de ello le colocas en ese punto.