Estoy mirando el post al que haces referencia, veo que donde dije Side tenia que haber dicho Mid y viceversa, se me fue un poco la olla, el orden lógico en el mezclador sería tener el Mid antes del canal Side, pero no pasa nada, a efectos de sonido es exactamente lo mismo, posiblemente edite un poco ese post...
Respecto a lo que comentas, pues hombre, es difícil saber lo que te ocurre con los datos que das, probablemente alguno de los plugins que estés utilizando esta haciendo algo en el estéreo de la señal...al margen de esto, te diré que no deberías utilizar esta técnica así como así, es decir, siempre por defecto en todos tus proyectos.
En mastering se recurre al MID/Side solamente cuando no queda más santo remedio, ya que esta técnica no es al fin y al cabo más que otra manera de escavar un poco más profundo en la señal estéreo, una limitación menos para el ingeniero de mastering, el cual se encuentra siempre bastante atado al tener que trabajar con un archivo estéreo que contiene ya la suma de un montón de pistas tratadas por alguien que no ha sido el...en fin, que si se puede evitar, se evita sin lugar a dudas, como otras tantas cosas, por supuesto pueden llegarte algunas mezclas que necesiten de ese tipo de procesamiento, pero si las mezclas son tuyas, es decir, que tienes acceso a ellas en cualquier momento, trabajar Mid/Side por separado se convierte en algo totalmente absurdo e incluso a veces hasta peligroso si no se tiene mucha experiencia, tenlo en cuenta, nada más.
Un saludo.