A falta de forma más cómoda puedes en cubase poner en solo la pista rewire que quieras y entonces exportar la canción a audio y marcar la casilla de que te la importe en la pool y en el proyecto.
Si es como con el Reason en rewire, primero abres Cubase, después activas el canal rewire, y por último abres el Live...y ya deberían estar sincronizados, después asignas las distintas pistas del Live, a canales midi independientes, y vas exportando en modo "solo" con la casilla de importar a la pool, como te comenta Gbeat