Lo principal es partir de un juego de cuerdas nuevecito antes de tocar la puesta a punto.
Si los ajustes son "normales" (altura en el puente, alma, acción general, altura de la cejuela) y el calibre de las cuerdas es algo "normal" no debería dar problemas, siempre partiendo de que las cuerdas sean nuevas.
En teoría, incrementando la acción incrementamos también lo que varía el tono según lo que tengamos que apretar la cuerda contra el mástil, lo que puede ayudar "algo" a amoldar la escala de los trastes con la necesaria de la cuerda en cuestión. Con acciones altas, tendremos distancias de cuerdas altas (selletas hacia el puente), con acciones bajas tendremos distancias de cuerda algo más bajas (selletas hacia el mástil).
Ya digo, que si los ajustes son normales no debería presentarse ese problema de ninguna manera. En todo caso, como último recurso, se podría probar cambiando el calibre de las cuerdas para acomodar un poco mejor la escala de la guitarra. Teóricamente, la longitud total de las cuerdas (como punto de partida) debería ser el doble que la distancia entre la cejuela y el traste 12, el trabajo de las selletas debería dar margen por encima y por debajo de esa medida. Puede que hayan hecho un diseño más orientado a calibres concretos, pero vamos... No creo! En teoría, por lo que dice el manual, es una escala de 25,5 pulgadas (647,7mm), así que la selletas se deberían poder mover en torno a esa distancia y el traste 12 debería estar en torno a la mitad, 12,75pulgadas (323,85mm) de la cejuela. Además, influyen temas como el radio del mástil. Si tiene una diferencia de radios entre cejuela y puente muy marcada, puede que sea necesaria un poco más de longitud para que quede perfectamente entonada... Pero esas cuestiones responden al diseño del fabricante y no a lo que podamos arreglar nosotros!!! En todo caso, no vendría mal coger un metro y medir esas distancias en la guitarra, por lo menos que respeten lo que dice el fabricante!!! Así, "a ojo", midiendo en la foto de la guitarra del manual (suponiendo que la foto sea perfecta) parece que las selletas del puente están un pelín "demasiado alejadas" de lo que deberían estarlo (de ahí el problema que en alguna cuerda se te acabe el juego del tornillo), pero mejor esperar a que puedas medirlo con la guitarra real.
A las malas, siempre se puede cambiar el tornillo por uno más largo y mirar si queda algo de margen para poder llegar bien a la entonación correcta.
Lo de que la guitarra suene perfectamente afinada en unos acordes sí y en otros no, es absolutamente normal en los mástiles normales. Se debe a un "defecto" intrínseco al propio diseño del instrumento, a como se acomodan 6 cuerdas distintas a las mismas distancias de escala de los trastes. Lo normal suele ser afinar al aire y olvidarnos o afinar sobre un acorde y olvidarnos (sabiendo que siempre habrá algo que suene desafinado). Desde hace un tiempo se han empezado a diseñar mástiles que corrigen ese problema con un diseño diferente de las formas de los trastes, acomodando cada cuerda a su propia escala de trastes, con lo que quedan unos trastes retorcidos y no rectos como a los que estamos acostumbrados. Creo que algo de eso ya comentamos aquí:
https://www.hispasonic.com/foros/como-ajustar-dar-mantenimiento-mi-guitarra/248084 Ahora mismo tengo internet algo "capao", cuando llegue a caso puedo enlazar a alguna foto en la que se vean esos mástiles si os resulta de interés.
Bueno, he lanzado unas cuantas ideas. Espero que sirva de alguna ayuda!