Haces casi todo bien. A ver, el amplitube es un efecto, por tanto lo que se graba es la señal real, sin efecto. Al poner el efecto como inserto, pues escuchas la guitarra pasada por el amplitube. Si desactivas el efecto, pues no escucharías la guitarra pasada por el amplitube.
Más cosas. Una pista en modo monitor te permite escuchar la guitarra con sus efectos (amplitube, en este caso) pero no te permite escuchar lo que contiene la pista ya grabado. Si quitas el modo monitor, escucharás la guitarra sin efecto y podrás escuchar lo que hay grabado. Eso es así y no se puede cambiar. No hay fallo de funcionamiento.
Ahora bien, ocurre que si estás escuchando, quitando el modo monitor, tu guitarra limpia, sin efecto, es porque tienes activada la monitorización directa. Y eso significa que cuando escuchas la guitarra con el efecto, también suena la guitarra limpia, aunque no lo percibas porque el efecto se come su sonido. Prueba a bajar el nivel del efecto y podrás oir el sonido limpio. Desactiva la monitorización directa para que sólo suene la guitarra con el efecto. Pero, eso sí, cuando quites el altavoz ese ya no oirás la guitarra.
Saludos,
Osea, y me permito resumir lo dicho por el Teniente, simplemente desactiva el altavocito para escuchar lo grabado y todos sus efectos.