¿El anterior Waves o el anterior Reaper? Si es Reaper, da igual que sea a x32 o x64, pero si es Waves, los plugins a 32 o 64 son distintos para Reaper si el "fabricante" no se ha preocupado en hacerlos 100% compatibles. Por lo que dices, a Waves le ha dado igual, ha nombrado distintas las dll de 64 bits a las de 32 bits y por eso Reaper no las encuentra. Y no es sólo cuestión del nombre, por eso renombrando no te funciona.
La solución la desconozco, pero me temo que pasará por reinstalar los plugins a 32, exportar las configuraciones e importarlas con los plugins de 64, rezando de nuevo por que sean compatibles.