Si no proviene de la guitarra misma, me suena a distorsión. Tal vez estés alimentandole una señal muy fuerte a la interfáz. Primero, asegúrate que estés usando la entrada Guitar/Instrument en tu interfáz, y que no esté entrando demasiado "caliente" (fuerte), tanto al interfáz como a Nuendo. Procura que la señal nunca llegue al rojo. Un máximo de -6dB de pico, o -18dB RMS es recomendable. También, algunas guitarras con micrófonos activos (que usan batería) envían una señal que puede ser muy alta para algunas interfaces. Si tu interfáz tiene un control de ganancia a la entrada, prueba bajando el nivel un poco. Si nada de eso soluciona tu problema, tal vez necesites una "DI Box" (caja de inyección directa) con atenuador, o tal vez la guitarra misma tenga ese problema.
#4 Gracias loco, le baje un poco mas el nivel y el sonido salió limpio, supongo que era eso!! Ya pude grabar la pista!!