Problema bastante común si no sabes rutear las salidas y entradas de la interface y todo termina saliendo por el mismo canal stereo, y entrando señal por la misma entrada por la que sale todo el audio...
Leíste el manual de Protools?
Sabes como armar buses y configurar la interface?
Ni siquiera has indicado tu configuración y aquí nadie es adivino.
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Mi configuración es con una Mix Yamaha O1V96i que sirve como interface. Mis monitores son unos Dynaudio. Si leí el maual de protools, pero he tenido dificultades.
Pon un print de pantalla de la configuración de I/O y del mixer, para ver específicamente como está el ruteo