Daño no puede causar, pero hay algunas interfaces 2.0 que no funcionan correctamente con 3.0.
Estas interfaces no poseen oficialmente soporte para USB 3.0, pero como dice Rod, no tiene por que dañarse. Se pueden usar en algunos puertos USB usando unos drivers beta, pero no en todos los chip set funciona.
Para efectos practico no tiene absolutamente ninguna ventaja el utilizar USB 3.0 en interfaces de audio, así que si tienes puertos 2.0 disponibles conecta la interfaz en ellos y deja el 3.0 para dispositivos que si le puedan sacar provecho.
Problema ninguno, es una estupidez.