Asegúrate de que Cubase sepa dónde está el plugin y su ruta de acceso.
Igual tiene que re-escanear tu carpeta de plugins para dar con él.
saludos
A mi me pasa algo parecido:
Sampletank en cubase studio 4.5 y Mac, lo puedo abrir como standalone y como AU, tambien como VST en Live, pero no como VST en Cubase. En principio todos los archivos estan donde deberian. Alguien sabe si es un bug de Cubase 4?