Prueba a ver si tienes también la tarjeta ajustada para que trabaje a esa frecuencia de muestreo. En algunas se puede ajustar. Otras solo funcionan a una velocidad de muestreo fija (como las Sound Blaster que solo trabajan a 48kHz). ¿Que tarjeta tienes?
Guau
Efectivamente, eso se debe a que no coinciden ambas frecuencias de muestreo, pero la que has configurado en Cubase con la del archivo.
Como me imagino que a consecuencia de ello no querrás cambiar la frecuencia de muestreo de tu proyecto, has de guardar el archivo a la frecuencia de muestreo correcta y volverlo a abrir o cargarlo en un editor de audio y hacer lo mismo.