Buscando he encontrado esto:
Tirando con claqueta, se utiliza el claquetazo tanto en el vídeo bruto (el del browser) como en el audio del DAT para fijar un IN en ambas pistas. A cada uno tendrás que modificarle el código de tiempo, seleccionando los clips uno a uno y yendo al menú/Modify/Timecode. Activa cualquiera de los auxiliares (cuidado, esto es peligroso si no utilizas los TC auxiliares), y pon un nuevo TC. Tendrás que poner el mismo TC en el audio y en el vídeo.
Entonces seleccionas los clips del Browser (1 vídeo + 1 o más Audios) y en el menú Modify elige «Merge Clips». Te preguntará entonces que en qué se basa para sincronizar, así que le dices que en el «Auxiliar TC 1 In Point» (si es que es ése el que has modificado previamente). Entonces obtendrás un nuevo clip bruto con su audio bueno ya sincronizado.
A partir de ahí puedes duplicar tu secuencia con el corto ya montado e ir sustituyendo clips manualmente.
Esto en Final Cut, Pero solo tengo el proyecto exportado a Logic, y no tengo Final Cut...aparte de que así tendría que rehacer todo el montaje.