Soy usuario de linux desde hace tiempo, le doy al sistema un uso diario: navegar por internet, reproductor de musica, reproductor de videos, etc... todo excepto produccion musical. He de decir que el sistema por lo general, teniendolo actualizado no da ningun problema tipo "viruses", ralentizaciones, jokes, adware, o malware... Lo de las cookies es un tanto universal. Las cookies siempre han dado problemas, pero dependiendo del navegador que utilices puedes modificar sus opciones, como por ejemplo, muchas paginas que visitas diariaamente guardan en las cookies, contraseñas, datos de formularios, etc... que nos hacen la vida mas facil, pero claro, esos datos pueden estar al alcance de cualquiera que tenga malas intenciones.
La historia es, que puedes configurar cualquier navegador (lo siento pero no se si con internet explorer lo puedes hacer) para que no guarde nada en las cookies, o para que te pregunte antes de que una pagina acceda a las cookies para tu darle el visto bueno, y cosillas así.
Sobre lo de que tienes que tener un conocimiento profundo para hacer tu sistema seguro en linux, sinceramente dudo que se pueda generalizar tanto
. Todo depende de la distribucion que utilices, y de si sigues los "principios basicos" de seguridad informatica. El primer principio te lo puedo adelantar y es: Utilizar la cuenta de root/administrador solo y exclusivamente cuando sea extrictamente necesario.
Saludos!