Las internas PCIe profesionales son mejores por que al ser insertadas en la mother board no hay cables de por medio, el buffer que usan es dedicado unicamente a ella, por lo que manejan latencias mas bajas y con drivers actuales son mucho mas estables que cualquier interfaz externa ya sea Fireware, USB, Thunderbolt, etc. ademas de que al no tener carcasa, sino usar cables latiguillo para E/S, suelen llevar componentes de mayor calidad, los convertidores y previos tope de gama de la marca.
Las USB al conectarse por medio de un cable al puerto USB del ordenador, depende de la calidad del cable usado en el dispositivo, el USB maneja el llamado BUS universal el cual a un mismo bus va la información de cada 4 puertos USB y este se encarga de seleccionar que información es importante y cual puede esperar... generando latencia, cuellos de botella y mal funcionamientos dependiendo de los recursos que requiera cada periférico conectado a ellos, si hay dos que gasten mucho ancho de banda y velocidad de transferencia compartidas conectados en los puertos que van al bus universal alguno puede funcionar mal o desconectarse... para que esto no suceda debes conectar unicamente la interfaz al ordenador, si conectas junto con esta un pendrive, mouse, HD externo, debes hacerlo en cierto orden que dependerá de la mother board de tu ordenador, al tener una carcasa externa los fabricantes deben balancear calidad/costo por lo que los componentes variaran y a veces bastante entre los modelos económicos y los caros de la misma marca.
Por ponerte un ejemplo una interfaz de audio PCI RME HDSP 9632 de 18 E/S de 369 euros tiene componentes similares a los de una RME Fireface UFX+ de 2700 euros y la en rack externa USB RME Babyface Pro que vale 715 euros que seria similar a la PCI en prestaciones, tiene componentes similares a los de una RME Fireface 802 de 1300 euros similar a la RME UFX pero de gama mas baja y componentes mas económicos.
https://www.thomann.de/es/rme_digi_9632_hdsp_pcikarte.htm
https://www.thomann.de/es/rme_babyface_pro.htm
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