No voy a entrar en pormenores de protocolo, por que entre otras cosas no entiendo mucho el funcionamiento de ninguno de los 2 (FW o USB), se ve que usan distinta forma de comunicarse con el sistema, y la forma del FW es mas estable.
A mi siempre me ha gustado mas el FW, simplemente, por que se usa para transferencia de video, casi todas las camaras DV usan esta conexion. Con la salida del USB 2.0 se supero la velocidad del FW (480 mbps del USB2 frente a 400 de FW, sin contar los nuevo FW800) pero parece que el FW400 mantiene mejor la tranferencia por el tipo que arquitectura que utiliza. Yo me lo creia, pero por que me apetecia, como decia siempre me ha gustado mas el FW. Hace poco me compre 2 carcasas de HD, las cuales llevan los 2 tipos de conectores, y se puede usar de las 2 formas. Hice la prueba (no por que me apeteciera, si no porque necesitaba mover datos) y la misma cantidad de datos, por USB2 tardaba como un 30% mas de tiempo que por FW400.
En resumidas cuentas, el USB2 es mas rapido que FW, pero FW mantiene tasas de transferencia constantes mas altas que USB2, digamos que el USB va a trompicones (que quizas no notes, pero fluctua, por asi decirlo) y FW es constante. Leí el pq pero ahora no sabria explicarlo de forma detallada. Si alguno lo sabe que nos los explique con pelos y señales. La información nunca va mal