En mi Apple Mac con Debian, esto se soluciona tal y como se indica en la documentación del paquete alsa-base, y asumiendo que se utiliza un kernel 2.6, creando un fichero /etc/modprobe.d/sound, con un contenido como éste:
alias snd-card-0 snd-powermac
options snd-powermac index=0
alias snd-card-1 snd-usb-audio
options snd-usb-audio index=1
De esta forma, la tarjeta de sonido interna pasa a ser la primera salida de audio disponible para ALSA, aquella utilizada por omisión por las aplicaciones de audio.
Por supuesto, para otro ordenador con otra(s) tarjeta(s) de sonido, cámbiese snd-powermac por el nombre del módulo adecuado.
Esta información debería ser válida para cualquier sistema basado en Debian como Ubuntu Dapper Drake.