Hola,
¿Cuando dices en 2 archivos a qué te refieres?
¿Que lo dejaste grabando por ejemplo 20 minutos y te hizo un archivo de los primeros 10 minutos y otro archivo con los siguientes 10 minutos?
¿Que tamaño ocupa en GB el mayor de ambos archivos?
Lo que se me ocurre es que tienes formateada la tarjeta de memoria en el sistema de archivos FAT32. Este sistema es antiguo pero se sigue utilizando mucho porque es muy compatible con todo tipo de sistemas operativos y equipos (incluso antiguos). Pero tiene una limitación y es que no puede usar archivos de mayor tamaño que 4GB. Así que aunque tengas una tarjeta de más capacidad si la grabación supera esos 4 GB se para. Lo que pasa es que la mayoría de aparatos suelen tener una función aútomática que inicia de nuevo la grabación en otro archivo sin perder audio (comprueba que juntando ambos archivos el audio es continuo).
Si lo que comento es lo que te ocurre y no quieres tener limitación en los archivos, formatea las tarjetas en exFAT antes de usarlas.