Que tal!
Bueno pues voy a tratar de ayudar un poco aunque tampoco soy un experto..
ok.
Como sabes el sonido es una vibración mecánica de las partículas de aire., que se mueve en las proximidades de su posición original, y concluida la vibración vuelve a su estado de reposo original, que se mide en Hertzios (Ciclos completos en un segundo) o sea la velocidad de oscilación de la partícula., este movimiento de las partículas es longitudinal en dirección al avance del sonido.,
La definición de que el sonido es todo aquello que podemos escuchar digamos que no es del todo cierta., pues todo aquello que podemos escuchar esta limitado a nuestra capacidad auditiva natural que esta comprendida entre los 20 y 20000 Hz., en este punto llamaremos a las vibraciones cuya frecuencia sea menor de 20Hz como: Infrasonidos., y las que oscilan por encima de los 20000Hz = (20kHz) como: Ultrasonidos.
Tomando de punto de partida el ejemplo que pusiste., (un la = 220, 440, 880, etc.)., en pocas palabras un ecualizador lo que hace es modificar la amplitud de la oscilación del sonido (partícula en movimiento)., digamos que tenemos un movimiento armónico simple que nos esta generando un tono puro o sea un solo sonido a una sola frecuencia, un LA a 220Hz un pitido que lo podemos percibir como un sonido de baja frecuencia o sonido grave., y aplicamos una EQ en un rango de 1000Hz disminuyendo la amplitud, en este punto obviamente no vamos a notar un cambio alguno en el sonido pues nuestro tono puro se encuentra oscilando alrededor de los 220Hz, pero si aplicamos la EQ exactamente en 220Hz vas anotar como disminuye la amplitud según como vallamos disminuyendo mas y mas la EQ., en un tono complejo o compuesto existen algunas diferencias pues por ejemplo; digamos que tocas de nuevo un LA pero ahora en un piano en este LA hay presentes mas armónicos que en un tono puro., pues en este LA están vibrando todos sus modos de vibración y le da la relación entre amplitudes y las frecuencias en las que se encuentran y leda la característica tonal o sea de color tonal al piano.,(digamos su sonido característico) y en este punto también queda explicado lo que preguntas del timbre de una nota, de cualquier modo te lo explico de otra forma:
El timbre lo percibe el oido Humano en función de las frecuencias que componen el sonido escuchado, regresamos a los armónicos y a ciclos específicos de cada tono o nota, en este caso hablando ya de afinación un standar hoy por hoy para afinar cualquier instrumento es el LA 440Hz = (DO 264Hz *5/3=440) Y la relación para sacar las de mas frecuencias en una escala diatónica seria mas o menos a si;
El primer Do esta situado en 132Hz si multiplicas por 2 obtienes el siguiente Do2 y a si sucesivamente
DO 264Hz * 1 = 264Hz
RE 264Hz * 8/9 = 297Hz
MI 264Hz * 4/5 = 330Hz
FA 264Hz * 3/4 = 352Hz
SOL 264Hz * 2/3 = 396Hz
LA 264HZ * 3/5 = 440Hz
SI 264Hz * 8/15 = 495Hz
Bueno bueno pues a si quedarían las frecuencias, se que existen mas modelos para construir los sonidos de las notas pero de cualquier modo no cambia mucho el resultado y bueno la intención es que comprendas un poco mejor que es lo que pasa con el sonido..
Es probable que te queden dudas después de la explicación pero te recomiendo que sigas investigando acerca del tema..
Saludos!