Puedes usar T-racks, izotope ozone... etc., incluso nuendo, que dicen que está orientado a la post-producción. Ahora bien, si eliges bien tus plugins VST o hard, ¿Qué mas da masterizar en un sitio que en otro?
Me explico: tenemos un proyecto en nuendo. Le cargamos unos waves: compresor, limitador en el master, excitador aural, ecualizador, etc., de cualquier pack, por ejemplo, el renaissance.
Ahora tenemos reaper, hacemos lo MISMO, con los mismos plugins. El resultado teorico y real, será el mismo.
Ahora bien, si hablamos de masterización en sistemas cerrados (que no tiren de VST) como T-racks, la cosa cambia. Yo, sinceramente, pienso que escogiendo bien tus VST's, no tienes por que tener que andar cambiando de programa. Ademas, tienes la ventaja de poder aplicar el mastering en distintos canales al tener el proyecto en el mismo reaper, con toda la comodidad del mundo.
Saludos!