Tienes el Adobe Premier?
EN este programa lo exportas en el tipo de archivo que necesites
USA CONVERTIDORES DE VIDEO
Audition debería pertmitirte cargar videos de varios formatos, entre ellos MPEG, ahora si deseas modificar el audio de un video y luego guardar dicho video con su audio modificado, solo te permite hacerlo en archivos de tipo AVI.
Ahora, si no te está permitiendo cargar archivos MPEG existe algún problema con tu software, quizás falta algún codec o dll.
Saludos!