primero de todo antes de nada está bastante claro que tendras que guardar lo qu quieras salvar: Preferencias, Atajos de teclado...
luego vas a C:/documents and settings/administrador/datos de programa/steinberg/cubase (o nuendo)/ y dentro de la carpeta entras en presets y ahi hay configuracion los de keycommands y los guardas donde quieras...
te explico, esa es la carpeta donde se instalo... donde en realidad se guardan las preferencias es en la carpeta q te dijeron, no importa donde lo hallas instalado. saludos